O engenheiro norte-americano Percival Farquhar (1864-1953), considerado um dos maiores empresários da história do país, foi um dos responsáveis por tocar o empreendimento durante os anos de 1907 a 1912, mantendo o nome usado pelos irmãos Collins. O trem seguiria um trajeto de cerca de 350 quilômetros passando por perigosas corredeiras e cachoeiras da maior floresta tropical úmida do mundo.

Inaugurada em 1912, a EFMM só daria lucro nos dois primeiros anos de atividade, fato explicado pela queda vertiginosa da participação brasileira no mercado da borracha, propiciada pela ascensão da concorrência asiática que oferecia um produto de qualidade e de mais fácil extração. Logo, as atividades de Farquhar na Amazônia entraram em falência.

Aluízio Pinheiro Ferreira, em 1937, a mando de Getúlio Vargas, assumia a direção da ferrovia até 1966, informam a Biblioteca Nacional e a pesquisa da Secom. Entre 1943 e 1946 ele governava o Território Federal do Guaporé.

Em 1º de julho de 1972, por decreto do ex-presidente Emílio Garrastazu Médici, a EFMM foi definitivamente desativada.